Ovviamente la massa che sta reagendo esotermicamente nelle condizioni operative ottimali, in quanto altamente attiva biologicamente, è quella più idonea per essere usata come innesco per l'avviamento di altri processi di trasformazione aerobica e per facilitare quello in corso, accelerandolo fino al completamento del ciclo.

Nel bioreattore il compostaggio normalmente viene solo avviato, perché una volta raggiunta una esotermicità globale della massa sufficiente a mantenere stabile la sua temperatura con il semplice controllo del raffreddamento tramite il calore latente di evaporazione dell'acqua contenuta nella massa, per svilupparlo basta tenere ossigenate le matrici reagenti fino al loro esaurimento, ricorrendo per questo a sistemi operativi più economici.

Poiché il bioreattore, esaltando al suo interno il processo aerobico in contrapposizione a quello anaerobico ostacola comunque le emissioni maleodoranti, può anche essere utilizzato per lo stoccaggio temporaneo della frazione organica, in una specie di fase di lavorazione primaria continuativa con funzione di polmone di accumulo, per adattare il quantitativo di prodotto in lavorazione alla contingente disponibilità di matrici organiche da trattare, rendendo così più elastico il sistema.